Āgenskalna baptistu draudze ir dibināta 1879. gadā, bet oficiāli reģistrēta 1884. gadā.
1879. gadā Rīgas Sākuma baptistu draudzes locekļi, kas dzīvoja Pārdaugavā, uzsāka organizēt dievkalpojumus Āgenskalnā un nodibināja pastāvīgu kori. 1888. gadā tika uzcelts pirmais draudzes dievnams Tempļa ielā 2. 1916. gadā pēc arhitekta A. Vanaga projekta draudze uzcēla savu pašreizējo dievnamu, kas atrodas Mārupes ielā 14.
Āgenskalna baptistu baznīca darbojās arī 2. Pasaules kara laikā un vēl pēc kara. Padomju vara baznīcas telpas draudzei atsavināja, lai ierīkotu tur TV studiju. 1961. gadā notika pēdējais dievkalpojums. 1965. gadā nojauca torni, pārbūvēja draudzes telpu, piebūvēja tai paralēlu piebūvi un likvidēja ieejas portālu.
No 1961. līdz 1991. gadam draudze darbojās otrpus Daugavas – Mateja baptistu draudzes dievnamā.
1989. gadā draudze atguva savu dievnamu. Uzsākās vērienīgu baznīcas atjaunošanas darbu posms. Darbi tika veikti gan pašu spēkiem, gan ar māsu draudžu atbalstu. Soli pa solim dievnams sāka atgūt savu šā brīža izskatu – tika uzbūvēts kristību baseins, balkons, izveidota dievnama altāra daļa, zāles viena pusē atvērti logi, restaurēta ēkas fasāde.
2019. gada 31. janvārī, 54 gadus pēc nojaukšanas, draudzes dievnamam atkal tika uzstādīts tornis.